Die Nicolaikirche war die Pfarrkirche der nördlichen Vorstadt von Eisleben. Bereits 1191 wurde ein Vorgängerbau, der dem heiligen Godehard geweiht war, erwähnt. Der Erzbischof Wichmann von Magdeburg stellte die Nicolaikirche unter dem Besitz der von ihm gestifteten Propstei Seeburg.

Die friesischen Siedler, die Ende des 12. Jahrhunderts nach Eisleben kamen und den „Faulen See“ trocken legten, übertrugen den Namen ihres Heiligen St. Nikolaus auf die ältere Kapelle St. Godehard. Der Neubau der heutigen spätgotischen Halle mit einjochigem Chor begann 1426. Die St. Nicolaikirche hat als einzige der Kirchen von Eisleben ihre schlanke spätgotische Turmspitze bewahrt.

Die Kirche musste 1972 gesperrt werden, weil das Dach einzustürzen drohte. Die gefährdeten Ausstattungsstücke wurden zwei Jahre später in anderen Kirchen untergebracht. 1988 bildete sich eine Bürgerinitiative zur Rettung der Kirche, aus der zwei Jahre danach das "Kuratorium St. Nikolai e.V." hervorging. Der Zweck des Vereines besteht darin, die Nicolaikirche in der Lutherstadt Eisleben zu erhalten und somit ein hervorragendes Denkmal mitteldeutscher gotischer Architektur für die Zukunft zu bewahren. Als Retter kam der Zimmermann Georg Rehklau aus Memmingen. Er organisierte bereits im Oktober 1990 den ersten Holztransport von Memmingen nach Eisleben. Viele Stunden hat er auch selbst an der Sicherung des Dachstuhls mitgewirkt. Er ist heute Ehrenbürger der Lutherstadt Eisleben. Weitere Unterstützung erhielt das Kuratorium von der Deutschen Stiftung Denkmalschutz, dem Regierungspräsidium Halle, der Stadt Memmingen und dem Memminger Freundeskreis der Nicolaikirche.